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Lievito rimane un modello importante per la biologia dei sistemi e per la valutazione delle strategie di proteomica. In approfonditi proteomica fucile studi hanno raggiunto una copertura quasi completa, e rapidi, approcci mirati sono stati sviluppati per questo Taglie Barbour organismo. Recentemente, abbiamo dimostrato che l'analisi singolo LC-MS / MS con lunghe colonne e gradienti accoppiati ad una trappola ionica lineare strumento Orbitrap aveva inaspettatamente vasta gamma dinamica di identificazione delle proteine ​​(Thakur, SS, Geiger, T., Chatterjee, B., Bandilla , P., Frohlich, F., Cox, J., e Barbour Lugano Mann, M. (2011) la copertura proteoma profonda e altamente sensibile per LC-MS / MS, senza prefrazionamento. Mol Cell. Proteomica 10, 10,1074 / mcp.M110.003699 ). Qui coppia un sistema di cromatografia liquida a pressione ultra alta di un romanzo banco Orbitrap spettrometro di massa (Q Exactive) con l'obiettivo di analisi quasi completa, rapida e robusta del proteoma del lievito. Corse singole di preparazione del campione filtro-aided (FASP) Preparazioni e LysC-digeriti lisati cellulari lievito identificato una media di 3923 proteine. L'analisi combinata di sei piste singole migliorato questi valori a più di 4000 proteine ​​identificate / run, vicino al numero totale delle proteine ​​espresse in condizioni standard, con una copertura sequenza mediana del 23%. A causa dell'assenza di fasi di frazionamento, sono necessarie solo quantità minuscole di campione. Quindi il modello di lievito proteoma può ora essere ampiamente coperto entro poche ore di tempo di misura e ad alta sensibilità. La copertura mediana di proteine ​​a Kyoto Enciclopedia dei geni e dei percorsi sul genoma, con almeno 10 membri era 88%, e percorsi non coperti non si aspettava di essere attivo nelle condizioni utilizzate. Per studiare perturbazioni del proteoma lievito, abbiamo sviluppato un pesante SILAC lievito standard di lisina marcato esterno che rappresenta diversi stati proteoma. Questo standard picco-in è stato impiegato per misurare la risposta heat shock del proteoma lievito. Analisi bioinformatica della risposta heat shock ha rivelato che le funzioni di traduzione correlate sono stati down-regolati rilievo, inclusi i processi nucleolari. Al contrario, i percorsi legati allo stress sono up-regolati. La tecnologia proteomica descritto qui è semplice, veloce e robusto, che potenzialmente permettono l'uso diffuso nel lievito e altre comunità di ricerca biologica.

 

 
 
     
 
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